أحمد عصيد، الناشط الحقوقي الأمازيغي، قال لـ" اليوم24" إن مقتل البراهمي عمل إجرامي يندرج في إطار محاولة عرقلة الانتقال نحو الديمقراطية والتأسيس لدولة القانون في تون
واستبعد عصيد أن تكون جهة إسلامية وراء مقتل البراهمي، وأكد أن عملية الاغتيال تقف وراءها جهات ليس من مصالحها نجاح الثورة في تونس، مرجحا أن يكون المخطِّطُ لأعمال الاغتيال هاته، هم "فلول النظام السابق الذي هو المستفيد الأكبر من عرقلة إرساء نظام ديمقراطي".
من جهته، اعتبر عبد الإله بن عبد السلام، نائب رئيس الجمعية المغربية لحقوق الإنسان، أن قتل البراهمي هو "اعتداء على الحق في الحياة"، مؤكدا أنه سلوك مدان ومرفوض، واعتبر بنعبد السلام أن ما حدث هو مؤشر خطير على تردي وضعف الثقافة الحقوقية في تونس. ". مطالبا بفتح تحقيق نزيه وشفاف في حدث الاغتيال، رافضا اتهام أي جهة.
وذهب عبد العزيز النويضي، الحقوقي ورئيس جمعية عدالة، إلى أن المستهدف من وراء عملية الاغتيال التي اهتزت لها تونس هو"المسلسل الديمقراطي". أما محمد الحمداوي، رئيس حركة التوحيد والإصلاح، فقد عبّر عن خشيته من أن يكون اغتيال البراهمي ثمنا قدمته تونس في مقابل موقفها الرسمي الرافض للانقلاب العسكري الذي حدث في مصر. كما استغرب تزامن اغتيال البراهمي مع إعلان الحكومة التونسية عن التوصل إلى معرفة هوية المتورطين في اغتيال الناشط اليساري شكري بلعيد.
وكان وزير الداخلية التونسي، لطفي بن جدو، قد أعلن أن التحريات الأولية أكدت أن البراهمي قتل من طرف شخصين استعملا قطعة السلاح ذاتها(مسدس نصف آلي) التي اغتيل بها شكري بلعيد، الأمر الذي يشير إلى أن الجهة التي تقف وراء تصفية السياسيين في تونس هي نفسها.
وأضاف بن جدو أن شخصا يسمى بوبكر بن الحبيب، وهو عنصر سلفي متشدد وتكفيري تورط في قضية مسك وإدخال أسلحة إلى تونس، قد يكون هو قاتل محمد البراهمي، ونشرت الحكومة التونسية صورة وهوية الشخص، مؤكدة أنه على علاقة وثيقة بكمال القضقاضي الذي أطلق النار على شكري بلعيد، ويلاحظ أن الشخصين معا يقيمان خارج تونس، إما في أمريكا(القضقاضي) أو فرنسا(بن الحبيب).